由于民营出版工作室没有出版权，但通过与国有出版单位合作，参与了出版活动，这与《出版管理条例》的规定发生了冲突与矛盾。尽管2016年国家新闻出版广电总局在江苏、北京、湖北等地开展了“制版分离”改革的试点工作，江苏省新闻出版广电局和北京市新闻出版广电局也分别印发了《江苏省图书制作和出版分开改革试点工作实施细则》《北京市图书制作和出版分开改革试点工作方案》《北京市图书制作和出版分开改革试点工作实施细则》等，但在《出版管理条例》中如何体现图书制作和出版分开，仍是一个值得探讨的重大课题。

如果说2000年以前民营出版工作室介入出版环节引发的出版管理问题比较突出的话，2000年以后新媒体对出版环节的挑战，则上升为主要矛盾。随着新技术的迅猛发展和广泛应用，高新技术与新闻出版业加速融合，网络的开放性和交互性使人们自由表达观点与意见的渠道更加畅通、更加丰富，但是，随之也带来一些新的法律问题。尽管 2011年3月19日国务院在《关于修改〈出版管理条例〉的决定》中授权由新闻出版总署另行制定《网络出版审批和管理办法》，但目前网络出版的内涵和外延难以界定，网络出版形态既不是《出版管理条例》所定义的出版物，又不在《出版管理条例》所规定的出版活动中。对此，《出版管理条例》明显缺乏约束力。另外，对网络的管理涉及方方面面，中央曾专门印发文件明确各个部门的管理职责和管理范围；但网络是无界限的，而提供的服务又是多样化、隐蔽化和不断变化的，对网络出版的管理往往存在职能交叉，表现为“有些地带抢着管，有些地带无人问津”。

《出版管理条例》实施二十年了。这二十年，是我国新闻出版业改革开放取得一系列重大进展的二十年，作为中国特色社会主义新闻出版法律体系中最为重要的法规，《出版管理条例》对出版业的发展起到了有力的保障作用。二十年来，《出版管理条例》通过不断的修订，在出版物的印刷或者复制环节，除委托书、承接境外出版物印刷或者复制审批和样本留存等制度外全部都放开了; 出版物的发行环节，除中小学教科书发行、互联网发行等制度外基本放开了，还增加了出版物进口管理环节的规定。但是，《出版管理条例》是一定历史阶段的产物，只能是相对的而不是绝对的，随着中国特色社会主义出版产业和出版事业的快速发展，国家保障公民依法行使出版自由权利的不断推进，以及社会主义精神文明和物质文明的积极构建，《出版管理条例》一定会与时俱进、不断创新，发挥出更大的重要作用。